تدور أحداث اللعبة في عام 1968 بمدينة نيو أورلينز حول شخص يدعى «لينكولن كلاي» وهو يتيم وشارك في حرب الفيتنام بعد انضمامه للعصابات ذوى البشرة السوداء، وبعد ان عاد من الحرب رجع وانضم إلى عصابة السود مرة أخرى ليتلقى مهمة من زعيم العصابة بمساعدة «جيورجي ماركانو» ابن رجل المافيا الإيطالية، وكانت المهمة تقتضي بسرقة الاحتياطي الخاص بالمباحث الفيدرالية، وبعد السرقة يعود لينكولن إلى الحانة بنصف المال، بينما يعود جيورجي إلى أبيه بالنصف الآخر، ولكن تحدث خيانة من قبل المافيا الإيطالية على العصابات السوداء وهذا يجعل لينكولن يريد الانتقام بقوة لقتل إخوته في العصابة، كما يظهر فيتو سكاليتا بطل مافيا 2 في هذا الجزء لكن بشخصية ثانوية.